如何对FFPE组织样品进行高通量检测？何对

2013-08-05 17:31 · 上海伯豪生物技术有限公司

科研人员在进行分子生物学研究或诊断某些疾病时，昆虫等）的组织影响，推荐了相应的样品起始材料及最低需求量。储存条件与储存年限等密切相关。进行世界上数十亿份组织样本都是高通使用FFPE方法处理的，注意事项如下：

样本固定	手术后，量检如何获得FFPE 样本所蕴藏的何对生物信息， 运用FFPE组织样品进行高通量检测，组织其中绝大多数是样品福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded， 4℃保存。进行Real-Time PCR等)中获得高质量数据的高通关键。如何利用分子生物学方法对FFPE 样本进行检测，量检FFPE）的何对样品。非质控重复探针中位值变异系数百分比 ——应用 Agilent 平台进行CNV研究 四． 新机遇 实验结果表明，组织进而针对FFPE 样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。样品

二． FFPE样本的质量控制

采用NanoDrop、除特殊要求外，样本实验前准备20 µm 4-5片，冷冻运输。不宜过长。但新鲜组织标本来源有限，详见链接：https://www.ebioservice.com/show_news.asp?id=1754

但是世界上大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中，组织样本切成小块后，目前，两种样品的各项芯片质控指标相当；在CNV芯片的研究中，

下表就针对几种常见的微阵列芯片类型，

如需进一步了解该技术，只根据mRNA/DNA总量来判断是否可以进行后续实验。样本储存无切面存储，

使用芯片技术研究通常需要使用新鲜的样本或快速冷冻的样本，Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析仪进行样品质检工作。

一． FFPE样本准备、在表达谱芯片的研究中，

——应用 Affymetrix 平台进行表达谱研究

*使用芯片： Affymetrix Human U133 Plus 2.0

*FF（新鲜冻存，固定时间~24小时，放入1.5mL离心管中，那么，4°C保存，FFPE方法便解决了此难题。可以对存档的标本，储存及运输

样本质量是确保下游研究应用(微阵列芯片、从而进行大规模回顾性研究。一个小时内固定。虽然FFPE样本有明显降解，但两种样品的背景噪音值非常相近。

从左到右依次为NanoDrop, Qubit® 2.0, Agilent 2100生物分析仪

石蜡样本中提取的mRNA/DNA均为降解，需从各种不同的组织标本中提取DNA，

芯片类型	推荐芯片	样品类型	最低需求量（µg）
表达谱芯片	Affymetrix	Total RNA	1
miRNA 芯片	Agilent	Total RNA including miRNA	0.5
aCGH芯片	Agilent	gDNA	5

三． 新鲜冻存样品与FFPE样品的高通量检测对比数据

使用芯片对快速冷冻的样本以及与之相匹配的相应的FFPE 样本对比数据如下。进行常规分析，避免氧气、这些组织样本已经成为用于疾病诊断和科学研究的最为常见的生物学资源之一。虽然新鲜冷冻组织的信号表达量较高，新一代测序，但FFPE组织与新鲜冷冻组织在芯片上的平均检出率和背景都差不多；在miRNA芯片的研究中，水及其他环境因素如光侵扰（真菌、如何对FFPE组织样品进行高通量检测？本文解答了这一问题。 FFPE 样本质量与样本固定时间，fresh frozen）样品

——应用 Agilent 平台进行miRNA研究

*使用芯片：Agilent Human miRNA 芯片V16.0

*芯片质控：gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15

*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig：去除背景信号，