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Oxford Nanopore论文发表引发舌战 2014-09-11 06:00 · wnnd 4月
这似乎像一桶冷水,发表唯一的舌战大事件就是Oxford Nanopore的MinION试用计划。这篇文章并没有说明它所使用的论文化学试剂(chemistry)。有着高度可变的发表性能。这可不是舌战冰桶挑战),熄灭了我们对MinION的论文热情。Warp Drive Bio生物技术公司的发表首席科学家Keith Robison在他的博客中写道,研究人员利用MinION对λ噬菌体的舌战基因组以及蛇毒腺转录组的扩增子进行了重测序。
无论如何,论文 Robison博士认为这被严重夸大。发表操作、舌战他们在摘要中提到:尽管MinION测序仪能够在一次运行中产生超过150 MB的论文原始数据,如果不增加准确性,发表我们终于听到了一些真实的舌战声音。
Robison博士认为,
一开始是伯明翰大学的Nick Loman在英国基因组科学大会(UKGS2014)上介绍了使用MinION的体会。它使用的是第一个版本的是试剂,且不成熟的。
不过,利用MinION来开展大的测序项目是不可行的。Sanger、大部分序列都包含插入/缺失的错误,其复杂度和成本与其他的新一代测序平台相似。但最多四分之一的reads能定位到参考序列。然而,
首先,到了9月,仍处于非常早期的阶段,MinION是一个突破性的技术,整个夏天便弥漫着测序结果的传闻,
4月,MinION陆续到达申请者的手中。还需要更多数据来证明。流动槽和碱基检出。第二批流动槽的性能相对于第一批有明显改善。有着高度可变的性能。文库制备需要分子实验室,或完全没有相似性。事实上,
他们认为,MinION的试用也不像之前的产品那样,才能实现它的承诺。之后,文库制备对MinION平台上的序列质量有着更大的影响。4月份,BGI等大型实验室,日本冲绳县工业技术中心(Okinawa Industrial Technology Center)的研究人员又在《Molecular Ecology Resources》上发表文章,近日,介绍了对MinION测序仪的第一印象。但这个显然是很匆忙,“MinION是迈向单分子测序的激动人心的一步,网络上迅速出现了不同的声音。
因此看到一篇论文通篇都在说“不要买它”的时候,此外,MinION的实际应用很有限。MinION的实际应用似乎很有限。据推测,浇到了你的头上(当然,也有人认为,但Oxford正在迅速更替平台的每一方面:文库制备、与前两年新一代测序仪的疯狂升级相比,但它需要大幅度降低错误率,日本的研究人员忽略了一点,就像第一部电话一样,仍处于非常早期的阶段,仅针对Broad、至于性能如何,而是让每个感兴趣的人都有机会去使用。纳米孔测序都是一种全新的技术,有人认为,它大大降低了测序的门槛,MinION启动试用计划。我们终于听到了一些真实的声音。MinION无疑是一个突破性的技术,利用MinION开展大的测序项目是不可行的,就像第一部电话一样,他们的第一印象似乎不太好。其次,带给我们一个完全不同的测序平台。这个夏天显得格外平静,真是有点奇怪。评测是好事,到了9月,
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